Kirche

Anders als in Berlin, wo Virchow gegen staatliche Repression kämpfte, kritisierte der nominelle Protestant und faktische Atheist im katholischen Würzburg den großen staatlichen Einfluß der Kirche. Obwohl mächtige kirchliche Medien seiner Meinung nach „ihre Angriffe von der atheistischen medizinischen Fakultät allmählich auf die ganze Universität übertragen, so daß der Rektor kürzlich den Staatsanwalt zur gerichtlichen Verfolgung aufgefordert hat“, scheute er sich nicht vor Provokation katholischer Theologen.

• Seine Aussage gegenüber einem Würzburger Theologieprofessor entwickelte sich später zum geflügelten Wort: „Ich habe Tausende von Leichen seziert, aber keine Seele darin gefunden.“
• Während der Sezierübungen fragte er seine Studenten gelegentlich: "Herr Kandidat, haben Sie schon einmal beim Präparieren eine Seele gefunden?"
• Einem jungen Kollegen soll er den guten Rat gegeben haben: "Denken Sie nie über Dinge nach, zu deren Erforschung das menschliche Hirn absolut nicht genügend ausgebildet ist!"

Noch auf seiner Abschiedsfeier vor dem Rückgang nach Berlin 1856 kam es zu Reibereien mit den Katholiken.